علی مطهری در سایت شخصی خود اعلام کرد: از گفتگوی من این جمله منتقل شده است که ما از ابتدا قصد ساخت بمب اتم را داشتیم اما با گزارش منافین این اتفاق نیفتاد، این جمله با نگاه به قبل و بعد گفتگو و سئوال مصاحبه کننده درست منتقل نشده است.
در این مصاحبه گفته شد که از ابتدا عده‌ای معتقد بودند ساخت سلاح اتمی برای ترساندن دشمن مشکلی ندارد، با توجه به دستور قرآن که می‌گوید «ترهبون به عدوّ الله» اما استفاده از آن اشکال دارد.
این بحث موجب شد منافقین فعالیت هسته‌ای ایران را به عنوان ساخت بمب قلمداد کنند اما سیاست و هدف نظام هیچ وقت ساخت بمب هسته‌ای نبوده است و مقام رهبری تولید آن را حرام اعلام کردند.
